明清两代继承了元代传统，喇嘛塔屡有所建，并出现了一种新的形式枣金刚宝座塔。这种以高台基、五个塔对称排列的形式，其原型仍然来自印度。佛教史上第一座金刚宝座塔是在公元4至6世纪时期，建造在佛陀悟道的伽耶城尼连禅河畔，称为“佛陀伽耶大塔”。这是一座在平台四角各建一幢小方形塔，拱卫着中间一幢大方维形塔的雄伟建筑物。这种造型被称为“坛城”，即曼陀罗式。五个小塔代表五方佛，正中一幢代表大日如来，四周四幢依顺时针代表阿闭如来、宝生如来、‘弥陀如来和不空如来。

北京有三座金刚宝座塔，正觉寺(又称五塔寺）、香山碧云寺、西黄寺清净化域塔都是这种造型。另外，昆明妙湛寺、山西五台圆照寺、正定广慧寺、呼和浩特各存一座，而以五塔寺雕刻最为精美。

云南傣族的“缅寺塔”也是明清时期的一种重要样式。缅塔多为圆形或多角形，其低伏的塔身，高耸俊秀的塔刹，显得绰约多姿，与喇嘛塔粗犷庞大相较，虽为同宗，但风格迥异。

曼飞龙塔(公元1204年)，为一组多座的塔群。九座塔立于同一台基上，中心主塔高16．3米，周围环绕着八座小塔，塔身洁白，塔尖呈金色。大小塔尖，簇拥耸立，犹如雨后春笋，争相破土。傣族人给它一个形象的名字“笋塔”。这种群塔，很可能是金刚宝座塔的一种“缅化”变体。