南华禅寺位于韶关市曲江区马坝镇以东7公里曹溪河畔。据明万历《曹溪通志》记载：南朝梁武帝天监元年（公元502年），印度高僧智药三藏见此地“山水回合，峰峦奇秀，叹如西天宝林山也”，遂建议地方官奏请武帝建寺。天监三年（公元504年），寺庙建成，梁武帝赐额“宝林寺”。唐仪凤二年（公元677年）始，中国佛教禅宗创始人六祖惠能大师来宝林寺说法37载，使南宗禅法大播于天下。故南华寺素有南禅祖庭之称，还与嵩山少林寺并称为禅宗祖庭，在东南亚、朝鲜、韩国、日本以及欧美等国家和地区有重要影响。

武则天万岁通天元年（公元696年），武则天赐慧能水晶钵盂、磨衲袈裟等物。唐神龙元年（公元705年），中宗又赐宝钵、磨衲袈裟等物，并将寺名赐改为“中兴寺”；神龙三年（公元707年）再改“法泉寺”。宋开宝元年（968），太祖赐额改称“南华禅寺”，沿称至今。1983年，南华寺被确定为全国重点寺庙。今南华寺占地总面积约42.5万平方米，主体建筑群总面积1.2万平方米。为阶梯式中轴线对称平面布局。寺向为坐北朝南。中轴线上由南至北依次为曹溪门（头山门）、放生池（上筑五香亭）、宝林门（二山门）、天王殿、大雄宝殿、藏经阁、灵照塔、祖殿、方丈室。自天王殿始作封闭，东侧依次为钟楼、客堂、伽蓝殿、斋堂等；西侧依次为鼓楼、祖师殿、功德堂（亦称西归堂）、禅堂、僧伽培训班等。主体建筑院落外，北侧有卓锡泉（俗名九龙泉）、伏虎亭、飞锡桥；西侧有无尽庵、海会塔、虚云和尚舍利塔；东侧有中山亭。

全寺殿堂飞檐斗拱，以重檐歇山顶、一斗三升居多。青砖灰沙砌墙，琉璃碧瓦为面，灰脊、琉璃珠脊刹、蔓草式脊吻。重要殿堂脊吻与脊刹间置琉璃鳌鱼，正脊两端饰夔龙脊头。多用木圆柱为支柱并将殿堂分为多间，石柱础多覆盆式。门窗则多花格门、格子窗棂。主要殿堂和钟鼓楼的大木梁都是用巨大铁力木（坤甸木）架成（为清初平南王尚可喜重修南华寺时所用之木）。大雄宝殿高16.7米、宽34.2米（七间）、进深28.5米（七间）。重檐歇山顶，前后乳袱用七柱、二十六檩，柱头铺作为六铺作，三抄，无昂，偷心座，补间铺作用二朵。琉璃碧瓦，灰脊，蔓草脊吻，琉璃珠脊刹。格子窗棂，前后均花格门。是广东省最大的寺庙建筑。三宝大佛塑于大雄宝殿正中屏墙神龛之上，连座均8.31米，全身遍贴金箔。观音菩萨泥塑立于三宝佛后屏墙，身高4米，遍贴金箔，跣足立于鳌头，左手倒持净瓶，右手轻执柳枝。五百罗汉泥塑群分塑大雄宝殿四壁及后屏墙，每尊身高约1.1米，与名山大海浑为一体，气势磅礴。弥勒佛塑像坐于天王殿正中屏墙神龛之上，体宽肚凸，笑口常开，憨态可掬。四大天王塑像两两分立天王殿东西两厢，手持法器，面目狰狞。

灵照塔为楼阁式八角五层涩檐出平座砖塔。塔高29.6米，底径11米。塔顶用生铁铸成“堵婆”式，铜铸宝瓶塔刹。初建于唐先天年间（公元712~713年），唐元和七年（公元812年）宪宗赐额曰“元和灵照之塔”。初建时为木塔，多次焚毁重建，至明成化年间（1465~1487）始改为砖塔。今仍保持明代原貌，为南华寺最古、最高的建筑。祖殿中央三座仿阿育王式木塔佛龛分别供奉着三具肉体真身菩萨，左为明代丹田和尚真身，右为明代憨山德清和尚真身，居中者则为禅宗六祖慧能和尚真身。

南华寺内珍藏大批珍贵文物。其中包括：国家一级文物327件，二级文物165件，三级文物49件。年代最早的有北齐孝昭帝皇建元年（公元560年）造型小巧精美的铜佛像；最著名的有唐六祖惠能“真身”塑像，唐千佛袈裟和历代圣旨；数量最多、艺术价值很高的有北宋雕工精致的木雕罗汉像360件；还有隋铁铸佛像，宋铜铸大铜钟、元铁铸大铁锅、明木雕四大天王像、明重刻苏东坡手迹碑铭、清千佛铁塔、《金刚经》铜印版、南宋万斤大铜钟等诸多国宝。铁铸摩利支天人像（属隋或唐初铸品）、六祖坠腰石 、明代铜香炉（为明皇宫内的用品）、明铁鼓等。其它珍贵文物有南汉铁钟（为省内仅存的一口南汉钟）、唐代托纱六祖像及缎质六祖袜、南宋铜钟（万斤大铜钟）、千佛铁塔（塔身整齐排列大小佛像1000个）、清代五百罗汉瓷瓶、唐武则天圣旨、八思巴文圣旨、元仁宗圣旨、明英宗圣旨、清雍正十三年（1735）版钦颁《龙藏》经书、明英宗天顺间（1457~1464）御赐金书《华严经》、清代铜版《金刚经》、清代再版《显扬圣教论》以及北宋文学家苏东坡书写的“斋堂”木匾、民国政府主席林森书写的“宝林道场”木匾、民国政府军事委员会委员长蒋中正书写的“宣扬佛典”木匾、中国佛教协会会长赵朴初书写的“南华禅寺”木匾。其他还有楹联30余对，碑碣30余通。这些珍宝是研究中国古代建筑、雕塑、绘画、音乐、文学，乃至历朝的社会风貌、生产生活等最具体真实的史料。

寺内寺外古树参天，有菩提树、水松、榕树、香樟等古树数十棵，浓荫蔽日，一派宁静肃穆气象。

1983年，南华寺被确定为全国重点寺庙。

2001年被公布为全国重点文物保护单位。