崆峒山啊曾数次犯渭州，但由于他们已领教过崆峒山僧众的精湛武艺，所以从此再不敢骚扰崆峒。

　　由于僧众抗西夏有功，宋仁宗于第二年降旨嘉奖崆峒僧众，并对率众僧冲锋陷阵的住持僧法淳赐紫色袈裟，并赐号“志护大师”，给法涣、法漫、法深、法汾等僧各赐紫色袈裟以示嘉勉。朝廷并赐银给寺院，以为供僧修寺之资。宋建中靖国元年(1101年)，法轮寺石经幢刻制完成。

　　南宋时，金朝曾统治平凉诸地，并设大元帅府在境内。金大安二年(1201年)由金廷皇族贵胄出资铸万斤大钟于崆峒明慧禅院，并改禅院为滹沱寺。

　　元朝已佛教立国，皇室成员都要灌顶受戒。就练黄帝登极加冕，都要先在佛殿行皈依加持，然后才得授皇权，佛法在大元一代达到鼎盛。所以崆峒佛教到了元代，其声望显赫，如日中天。

　　大元帝国的开国皇帝成吉思汗，在灭了辽金之后，立即将六盘山和崆峒区境作为重要战略枢纽，全力经营。设行宫、造兵库，战时的朝廷或指挥中心就在区境及凉殿峡一线。战乱对崆峒佛教虽有破坏，僧众虽有走散流失，但寺院香火未绝。成吉思汗后来就四于六盘山的行宫。其子窝阔台继位，仍重视区境的战略要地。窝阔台死后，忽必烈与其弟阿里不哥争帝位，由于忽必烈首先控制了六盘山和崆峒这一重要咽喉要地，皇帝宝座最终归忽必烈所有。忽必烈登极后，立即封其爱子忙哥刺为定西王，镇守六盘山、崆峒要地，控制四川、陕西、甘肃以及通东西亚欧的六盘道和鸡头道(崆峒道)。忙哥刺镇藩区境时，请准其父皇，将帝师八思八大师之叔父高僧槊里吉察思揭兀指派为皇子之上师，并与其受戒弟子商从行同来镇所。商从行为王府首相，他们一到平凉，就先上崆峒山拜佛。对崆峒佛道场的庄严清净，大加称赏。槊里吉察思揭兀有永居崆峒山之意，弟子商从行禀事之命，请准安西王，由王府出资，在崆峒东台建密宗道场宝庆寺。“为殿为堂，轮奂龜飞，金碧炫烂，无不赞叹”。宝庆寺从至元十年始建，到十五年八月落成(1273—1278年)，安西王携妃逊多礼、世子及公主和百官登山朝礼，并设佛供。安西王还逐一瞻仰了全山寺院，对僧众皆有赏赐，并特别表彰商从行师徒在建寺护法中精敏辛苦、创修宝庆寺的功绩。并特受宝庆寺为陕西、甘肃、四川、西夏等地佛教寺院僧众的主管寺。商从行师徒司三品银印，为释教之统领，时人将之比为再来之佛图澄与鸠摩罗什。至此，明慧禅院将为从属，寺名亦改为真乘寺。宝庆寺统领西部和西南诸路佛教，在大元统治的近百年中，发挥了极其重要的作用。当时僧徒往来于道，都是官府驿站接应，而且登级在官员之上，因此地方官对此都有怨言。这是《元史》中有记载：“泰定二年，西台御史李昌言尝经平凉府、静、会、定西等州，见西番僧配金字圆符络绎道途，驰骑累百，传舍至不能容……”从这里亦可看到当时崆峒佛教之盛了。

　　到了明代，宝庆寺的特权随元帝国的瓦解而不复存在，但法轮寺此时已成为崆峒佛教的主导之寺。明洪武帝朱元璋，封其二十二子朱？为安王，就藩平凉崆峒区。到明成祖永乐十五年(1417年)，安王死，无子国除。到永乐二十二年(1424年)，改封辽东的韩王迁居平凉崆峒区，韩王共传十一世，在平凉崆峒区历时212年，与大明朝共终。

　　明成竹篱为朱元璋第四子，封燕王，就藩北平，朱元璋在位时太子已死，他便传位给皇长孙朱允炆，史称建文帝。洪武、建文两帝都崇佛。成祖朱棣在夺取其侄建文帝位的时候，说是曾得到北方真武大帝神助，他即帝位后，下令全国各大名山都要自在显著地方祀真武大帝。崆峒山大顶之大雄宝殿奉命改祀真武。旧山志载：“初，明成祖崇祀真武，寺宇因改建真武，照依武当山，以三月三日为朝山之期，而远近乡氓相沿旧俗，犹以四月八日为释迦佛会，供奉香烛净水，至今不改云。”到了嘉靖初，山西、延安等地游僧混杂山寺，倒卖山寺资产，并非法致死人命。被韩王从弟西德王知道，便借机将寺产收归己有。法轮寺、真乘寺僧众不服，住持僧圆明、圆洪、碧天、真乘等出面，将寺山土地献给韩王，“西德王不敢争”。嘉靖三十年(1551年)，襄陵王因事人朝，将崆峒山佛教寺产一事上奏朝廷皇帝降旨，将寺地全部交平凉县收管，“招民佃之，输租三百石，即崆峒里也”。至此历时800多年，由唐太宗李世民划给崆峒山佛教的供养田，不再为山寺所有，原山中日供近千人食用的场景不再重现。但佛教并未就此消沉，就藩平凉的韩王，格外崇仰佛道两教，王府成员皆敬事僧众，并赐钱复修崆峒山寺庙。城区寺庙颓者补修，风脉处建寺。尤其一提的是原延恩寺旧址荒废多年，经韩王向明英宗奏请，英宗御赐“延恩祝圣寺”匾额，并拨专款重新寺宇，重建宝塔，俗称宝塔寺。延恩寺为韩王府专用道场，其时各郡王府也争相出资建寺，一时城区相继建起报恩寺、慈恩寺、崇福寺、南庄寺、上圣寺、(上寺台)、韩二府寺、韩六府寺、褒四府寺等一批新寺院。道教庙宇，也从崆峒山到平凉城区，随处可见。其时佛道二教相倚而存，有佛寺必有道院，如宝塔寺东侧，就是道教的东岳庙，至今此格局在崆峒山依旧未变。由于王府和官宦对佛教的崇仰和护持，崆峒区境佛事活动深入人心。真如俗语说的：“户户弥陀佛，家家观世音。”进士王源翰有竹枝词写道:“东关浮屠起七层，禅房罗列夜传灯，韩藩好佛人多化，处处经声处处僧。”

　　清代，区境佛寺道场基本延续明代规模。但由于缺乏如韩王那样的大护法人物，佛事活动相应减少，专注清修成为这一时期崆峒佛教的特点。

　　清代后期，区境成为多事之地。同治年间社会动乱，杀戮抢掠祸及丛林，区境佛寺道观几乎被焚掠殆尽，崆峒山亦未能幸免。战乱之后，山中只剩两位僧人，一住西台，一住北台。崆峒佛教活动，至此衰落不振。所以当虚云法师清末慕名来访崆峒时，见山景幽胜，群峰拢翠，寺宇残破，佛事冷落，几乎无人能传心要，遂吟诗以追怀对仁智禅师的尊仰之情。诗曰:“凿破云根一经通，禅西远在碧霞中。岩穿雪窍去爱你峰冷月到禅心五蕴空。”

　　进入民国，崆峒佛教虽仍是陇东最大的佛教丛林，但僧材不足，其影响力远非盛时可比。到民国21年(1932年)本地清未举人，民国时曾任过甘肃民政厅长、四川烟酒督办的郑浚卸任回乡。他概叹崆峒佛教宗风不振，认识到佛法衰落的原因有三：一是僧材不足；二是佛法与世法日渐相离；三是佛法教育未能普及。他决心为振兴崆峒佛教而奉献一切。此后，郑浚并联络同仁，发出倡议，集资筹款，针对佛法衰落三原因而做三事。一是将崆峒佛事活动中心从崆峒山移到人口集中的平凉城，便于佛法能直接面对民众，使佛法与世法两不相离；二是从南方佛教活跃区请高僧来平弘法；三是与佛经流通中心直接联系，输入法本经书，普及大众。